（1）设立目的：政府规定特区在实施相关法律法规时，可以不拘泥于原有法律法规的条条框框，采取更多灵活有效的方式应对，一可以充分突出地方的特性，创造出更多适应该地区特色的新兴产业，扩大消费者利益，使该地区经济迸发更大活力；二可以通过特区结构改革的成功，进一步带动全国结构改革风潮，达到盘活全国经济的最终目的。
（2）主管机构：日本内阁下设“结构改革特区推进本部”，由首相本人担任本部长，内阁官房长官、金融经济财政大臣和规制改革大臣以及新任命的“结构改革特区担当大臣”为副本部长，其他大臣均为成员。本部还设立干事，干事由首相任命相应行政机构的官员出任。本部的事务性工作由内阁官房负责，内阁府予以协调。
（3）相关法律：2002年12月，日本国会通过法律第189号《构造改革特别区域法》，法律详细规定了特区的基本方针、政府对特区计划的认定标准、特区可实施的法律法规的特殊规定和构造改革特别区域推进本部。截至2006年1月1日，日本13个中央政府部门已制定了包括道路交通、教育、农林水产、产业振兴及医疗等各领域共100余条主要特殊规定。
（4）特区发展情况：截至2006年5月18日，日本内阁官房已认定了11批特区计划，共计批准878个构造改革特区。日本全国47个行政区域都设有特区。其中较具代表性的特区是向普通企业法人放开农耕牧业生产经营的农业特区。
【国家战略特区】日本国家战略特区，是2012年12月上台的安倍政权经济成长战略中的重要一环。旨在加大某区域内经济政策的放宽力度、激发民间投资活力从而促进经济增长。
截至2014年3月28日，日本政府已发表国家战略特区包括：东京圈（国际化商务及创新产业基地）、关西圈（医疗产业及创新型人才培育基地）、冲绳县（国际化旅游观光基地）、新潟县新潟市（大型农业改革基地）、兵库县养父市（农业改革基地）、福冈县福冈市（创业雇佣改革基地）。
【保税区】日本保税区分为指定保税区和许可保税区两种基本类型。
（1）指定保税区：通常由日本各级政府设立，属于城市公共设施。目前日本全境共有85处，主要是在临港地区划分一块区域，在此区域内进行外国货物的装卸、搬运，以及海关报关所需的简单改装与分类，但不能进行改变货物性质的复杂加工和制造，货物存放时间不超过一个月。
（2）许可保税区：通常是由私人企业向日本海关申请，得到批准后设立的，运营均为私有性质。主要有四种类型：一是保税仓库。保税仓库与指定保税区功能基本相同，但区位不一定临近港口，货物存放时间可长达两年。保税仓库数量众多，目前日本共有5206家。二是保税工厂。保税工厂内可以对外国原材料进行保税加工或制造，并出口国外。保税工厂运营期限为两年，但可依据情况申请延长，目前日本有326家。三是保税展示场。保税展示场内可进行外国货物的保税展览及交易。目前，日本常年存在的保税展示场仅有国立文化机构九州国立博物馆和长崎孔子庙中国历代博物馆两家，根据需要，日本海关通常会每年不定期批准约20家。四是综合保税区。综合保税区功能较为齐全，包括以上所有保税区的功能，可以进行外国货物的藏置、加工、制造及展览。目前日本仅有横滨港国际流通中心、川崎物流中心、中部国际空港及爱媛国际物流枢纽四家。
（3）申请与监管
日本保税区申请比较简单，处理审核时间相对较短，如果条件符合，一般在一个月内即可获得批复。指定保税区由于属于公共设施，申请需得到日本财务大臣的批准。许可保税区则只需向所在地所属的日本海关税关申请，得到税关长的批准即可。日本将全境分为九大税关，每一税关都具有批准保税区申请的权力。
（4）日本保税区的监管实行收费制。申请保税区的公司每月按面积大小向各税关交纳管理费，收费标准为每1000坪每月2.03万日元（1坪＝3.30579平方米）。由于日本保税区数量众多，且分布相对分散，税关监管人员无法对其进行日常监管。因此，保税区的日常监管以各保税区自行监管为主，税关监管人员每年进行一两次不定期抽查。如发现违反规定的行为会依据相关法律进行处罚，严重的甚至将被撤销保税区资格。
（5）法律保障
日本保税区遵循先立法、后设区的原则，保税区的法律经过了多年的演变与改进。1954年，日本制定《关税法》，对之前针对保税区实行的法律《借库规则》、《保税仓库法》、《海关仓库法》、《仓库法》及《保税工厂法》予以统一、修正。《关税法》对日本海关管辖的各方面事宜均做出详细的法律规定。其中，第37条、第42条、第56条、第62条第2款、第62条第8款分别对指定保税区、保税仓库、保税工厂、保税展示场及综合保税区等不同类型的保税区做出了不同的规定。
（6）发展现状
日本的保税区基本集中在日本港口比较发达的东京湾及京阪神地区，其中横滨税关所辖区域是日本保税区最集中的地方，在区域数量及面积两方面均位列九大税关之首，日本仅有的四个综合保税区，其中三个落户于横滨和神户两大税关。这种集中客观上更有利于保税区发挥其自身功能。
保税仓库数量由1998年顶峰时的5585家减少到2009年的5206家。尽管数量持续下降，但保税仓库的面积则在2003年到达最低点后出现反弹，呈现上升势头，存留下来的保税仓库具有较强的竞争能力。综合保税区的面积始终保持不断增长的态势，具有一定的发展潜力。