《关税法》、《关税定率法》、《关税暂定措施法》、《关税率表》等构成了日本与关税相关的基本法律制度。《关税法》是关于关税的征收与纳税以及通关的法律；《关税定律法》制定于1911年，是一部唯一有效的战前制定的海关法律，是如何确定关税税率、课税标准以及减免等极具海关技术的规定；《关税暂定措施法》是为了应对日本加入GATT后，在经济高速增长背景下对外贸易大发展后的新形势下关税政策调整之需要；《关税定率表》即海关税则，是一国制定和公布的进出境货物征收关税的规则和关税税率分类表，日本海关每年对税则进行修订并公布一次，1988年日本成为《协调制度公约》的缔约国后，开始采用《商品名称及编码协调制度》（HS）的体系编排税则，税则号采用国际通用的9位数，税则共分为21部97类。关税率由基本税率、暂定税率、WTO协定税率、普惠税率和特惠税率（日本针对一般发展中国家的单边优惠税率，还包括针对其中最不发达国家LDC的特别特惠税率）组成，另外，与日本签有自贸区协定的国家关税率单列在关税表内。关税率的决定流程分两个阶段，一是商品归类，二是商品原产地认定。总体上看，日本除了农产品和少数奢侈品以及一些特殊商品保持高关税率外，其他的基本是低关税或无关税，无关税商品约占总商品种类的40%左右，属于世界上开放程度相当高的国家。
