根据塞浦路斯海关法, 海关事务由财政部所属海关税务局负责管理。该局下设海关总署及增值税服务局。 海关的职责为：保护社会环境、防止毒品及其他严禁入境的物资流入国境、提高生活质量；负责收取关税和消费税；促进合法贸易以及收集分析贸易统计数据等。总署的办公室设在首都尼科西亚，有377个职位，另外还有其他四个区域海关，分别设在尼科西亚、拉纳卡、利玛索和帕幅斯。自塞2004年5月入盟后, 所执行的税收及标准与欧盟一致.
一、对自由区的监管
建立自由区的目的是为了鼓励对外贸易以及发展国际商务。塞政府对进出自由区的货物进行严格管理。对所有进入区内加工、包装用的原材料需在电子表格中作记录，并随加工产品单独贮藏；企业生产所需进口的机器办公设备及原材料免缴关税。在区内不允许零售，而且消费的物品不免关税。生产性企业从国外进口的样品及再次出口可被视为临时进口商品对待。从国外进入自由区的商品必须按表IM3的规定清关，但无须进口许可证。本国产品进入自由区，被视为出口，须提交有关的文件。自由区产品出口到国外需按正常出口程序办理有关手续，无须出口许可证。如产品进入本地市场需经商工旅游部批准，其应税价值按离开自由区之时算起，并给予优惠收取。
二、对海外公司的管理：
至2002年12月31日前执行的海外公司及其海外雇员所享受的免税优惠待遇, 从2003年1月1日起开始取消。已经申报了有关免税的公司及个人，可在2003年3月31日前继续享受有关的政策。
三、对旅客的出入境管理：
海关对在拉纳卡、帕幅斯国际机场和利玛索港口入境旅客实行检查和免检的双重通道申报，即“红、绿”通道系统。旅客根据自己所带物品选择入境通道。允许携带入境的免税物品有烟叶250克、香烟200支、雪茄50支、22度以上白酒1升、葡萄酒以及香槟2升、香水1瓶（不超过0.6升）以及其他总价值100塞镑的物品(珠宝除外)等。17岁以下的旅客不允许携带烟草和酒精饮料。出入境旅客所携带外汇超过7300塞镑或12500欧元或等值外币，需填进出口现金/支票及或黄金申报表。
四、其它
对于临时进口的产品（如：商业样品、广告宣传材料、展览会用商品、临时在塞修理或加工的产品）、2塞镑关税内的包裹礼品、盲聋人用的设备、遗产、再次进口物资、颁奖或获奖品暂免关税。
五、税务局的职责为：
管理和确保增值税法的执行、保证增值税的收入、执行政府保证公共财务及健康社会环境政策、为纳税人提供高质量的服务、并以公平、公开、公正的态度服务社会。
塞浦路斯于1992年根据英国1983年的增值税法制定了符合塞经济的税法，为了能够与欧盟接轨，塞国于95年又制定了与欧盟规定相符合的税法，同时也批准了相关的管理和程序上的框架。有关的税法于2002年2月1日起正式生效。从2003年1月1日起对所有的商品及服务都按15%税率征收增值税。所有的进口物资都需要缴纳增值税。征收对象为自然人、法人、塞居民。纳税人须填写缴税表格，通常三个月缴纳一次。酒店住宿及类似行业、给餐饮业提供的食品（酒精饮料、葡萄酒和啤酒除外）、棺材、殡仪及作家艺术家的服务等按5%征收。出口商品免征增值税；按增值税法豁免的商品及服务免征增值税。租赁用的固定资产、金融服务、彩票、医疗卫生、社会福利、教育、体育、文化设施以及保险服务免征增值税。自2004年5月1日入盟后，塞的增值税按欧盟的标准执行。