货物进出欧盟统一关税区和自由关税区将由海关按海关法进行监督。海关监督作用是征收进出口税，维护海关法。海关法规定的进出口税包括海关法典中规定的税收以及进口销售税和其他进口货物消费税。上述海关法典即欧共体于1992年10月19日以EG
Nr.L302公布的海关法典。需征收消费税的货物通过德国消费税征收区时受海关监督。海关监督还在于维护欧盟及其成员国关于禁止和限制货物进入、通过和输出欧盟海关法有效地区的有关规定。海关还担负着其它法规所赋予的任务。
一、海关对进出口货物的管理
德国关于货物进出关的法律有：关税和关税值及条例、海关取得统计数据的条例、对外经济法和条例、德国国内贸易规定。
企业在进出口货物时必须按照规定办理下列有关单证：
1、报关单：每批进出口货物向海关申报，填写报关单，作为海关进行监管、查验、征税、统计的依据。
2、进口货物的提单或运单；出口货物的装箱单或运单。
3、进口或出口货物的发票、合同。
4、关税申请：由进口商申请，以何种关税方式通关。凡是营业性的进口或商品价值超过400欧元，必须递交书面关税申请。
5、进口关税值的申报。
6、原产地证明：德国由各地的工商会负责出具原产地证明。
7、商品流通证明：德国向有些国家（如欧洲自由贸易联盟国家）出口时，如果递交这种证明，进口商可获得进口关税优惠。
8、通关证：德国企业到国外去参展要带展品，去国外洽谈业务有时要带样品。有些国家对这些临时性进口要求支付押金，有的押金相当高。为避免携带许多现金，欧共体关税委员会制定了商品样品通关证协定和商品临时进口协定，规定由欧共体各国有关机构以通关证的形式给予关税担保，即担保某商品进入某国后还将带出。因此，通关证就相当于海关通行证，是一种担保证件，本身有货币价值。德国承担这种关税担保的是德国工商总会，颁发通关证的是各地工商会。
二、征收关税
德国海关对一批货物首先检查是否是免关税的，如果是，在接到海关的口头通知后，马上可以提货。如果要征关税，海关将书面或口头通知。按规定，接到海关通知后，应立即付关税。但如果需要并符合有关前提，每个商人都有权要求推迟支付时间，欧盟统一规定，关税支付时间最迟可推迟到货到之日起的下月15日。
三、其它进口税
1、进口增值税：进口货物除交关税外，进口商还要交纳16％的进口增值税，也有的商品（如食品、书籍、报刊等）只须付7％的进口增值税，由海关代征。进口商向财政局申报后，可退回这笔增值税。
2、差价税：从欧盟以外的第三国进口一些农产品如粮食、牛奶、糖、水果、蔬菜等时，由于进口价格大大低于欧盟价格，如果进口商低价售出，会严重冲击欧盟同类商品的市场；如果同价抛出，又能获得巨额利润。因此，欧盟对这类进口商品除征收进口关税外，还要另征收一种差价税，以降低进口商所获的利润，故又称利润撇除费。欧盟以此防止世界市场上同类商品价格给欧盟带来的冲击。因此，实际上这也是一种进口税。
进口上述商品时，或者以差价税取代关税，或在征收关税的基础上加收差价税。差价税率一般以100公斤自重为基本核算单位，在有些情况下，也根据关税税值计算。
3、消费税：德国对进口的烧酒、啤酒、烟草制品、石油制品、咖啡、发光材料、木材、汽酒和茶叶等商品，征收消费税。