山东省政府做出对菏泽港总体规划(2015-2030年) 的同意批复，菏泽港将形成以巨野港区为核心港区，成武港区、郓城港区、定陶港区为重要港区的“一港四区”总体格局，逐步发展成为具备装卸仓储、中转换装、运输组织、临港开发、现代物流、生产生活等基本功能的综合性、现代化内河港口。
菏泽港是山东省内河地区性重要港口，港口发展以大宗散货运输为主，积极发展件杂货和集装箱运输，菏泽港规划港口岸线21154米，其中已利用岸线1942米、规划期利用岸线11876米、预留岸线7336米。
规划期内菏泽港将形成以巨野港区为核心港区，成武港区、郓城港区、定陶港区为重要港区的“一港四区”总体格局，4个港区下设10个作业区（另预留1个作业区)。近期以巨野港区为核心港区，结合航道开发逐步建成成武、郓城、定陶等港区。
其中，巨野港区以大宗干散货、件杂货运输为主，积极发展集装箱运输业务，主要为巨野县煤炭出运、临港产业园区及城市生产生活服务；郓城港区以大宗干散货、件杂货运输为主，积极发展集装箱运输业务，主要为郓城县煤炭出运、城市生产生活和临港物流产业服务；成武港区以大宗干散货、件杂货运输为主，积极发展集装箱运输业务，主要为曹县、单县煤炭出运、临港工业及城市生产生活服务；定陶港区，以大宗干散货、件杂货运输为主，积极发展集装箱运输业务，发展铁水联运功能，主要为菏泽市及东明县化工园区及城市生产生活服务。