以色列对进口货物实施海关检查，根据原产地及海关税则号码不同征收有关税费。进口关税由财政部关税与增值税司负责制订，具体通关业务由各入境口岸的海关负责。
近年来以色列逐步对进口管理减少非关税壁垒。但仍然禁止从一些与以色列没有贸易关系的国家进口货物，主要是一些阿拉伯国家、穆斯林国家以及既非WTO成员又未与以色列签订贸易协定的国家。有些产品的进口需事先向工贸部等部门申请许可证，主要包括农产品、食品、医疗产品等等。部分进口货物必须符合以色列安全、环保、标志等方面的标准。
一、清关文件准备
进口货物的货主必须在货物到达后立即或于海关征税员允许的期限内申报。进口报关单使用希伯来语，其附带的文件则不一定。舱单以外的货物（如集装箱、样品等）不需要进口报关单。货物的“报关人”或“货主”可以是货主本人、进口托收人、托收人的注册雇员或报关行等等。
如果各种文件齐备，也可以进行“个人进口”。其程序可以通过海关服务局（Customs Service Bureau）进行。
清关时必须或可能需提供的文件如下文所述，但是在多数情况下，只要求一些标准的文件。（文件份数的最低要求通常为：进口报关单5份，发票及说明书3份，其它文件1份）
1、交货指示单、航空提单或邮寄提单；
2、运费清单及手续费清单；
3、保险条款；
4、发票；
5、包装单；
6、市场情况表、目录、价格表或其它用于对货物进行确认、分类的文件；
7、供货商（制造商）与进口商之间关于合同条款的来往函件；
8、有关进口许可规定、质量标准的合格证书及文件；
9、普通证书或原产地证书；
10、直接提货单；
11、有关允许推迟缴纳全部或部分关税及其它税（如为复出口而开展的进口业务），或者按特殊支付安排纳税的证明；
12、进口许可证；
13、由特定机构（如标准协会、工贸部、国防部、通讯部等）发放的质量证明或其它证明。
除非负责的海关官员经比较后同意接受复印件，递交的文件必须为原件，但提货单必须为原件。非希伯来语的文件应尽可能使用英语版本。
要求外国供应商提供的所有发票、说明书及其它有关文件都必须包括原件及两份复印件。如果货物是分批运输的，则每次入关都必须提供相同份数的文件，以办理清关手续。
以色列海关法规中无领事背书条款。
二、进口关税
以色列是世界海关组织成员国，货物分类采用国际通用的《商品名称及编码协调制度》。以色列也是WTO成员国，按照WTO有关规定，进口完税价格主要根据进口商支付价格决定。税额一般按完税价格百分比计算，少数货物采用固定税额或上述两种方式结合的办法。
三、进口环节购置税
除了关税以外，有些货物还需缴纳购置税。满足一定条件的进口商可以免缴购置税。
（一）特定身份的进口商
1、进口商为卫生部门；
2、进口商正在进行首席科学家批准的研究开发工作，而该货物系研究开发工作必需产品；
3、进口商系“核准企业”，该货物为制造某种设施所必需的产品。
通常由海关官员检查是否可以适用有关条款。当货物放行后，海关还将赴企业所在地确认货物已用于最初申报的用途，然后才能最终免税。公司可能要接受海关长达数年的跟踪调查，只有进口货物被除名（累计折旧结束）后，清关才告结束。
在有条件免税期间，进口商必须提供担保；有时为全额，有时只针对特定设备。
如果货物不再用于被许可的目的或由未经许可的机构使用，则适用特定的海关程序（如支付折旧后的税款等）。
（二）特定用途的设备
工业公司在进口安装在生产设施内的空调设备及闭路电视系统时，可以免缴购置税。为工业用途进口中央空调系统的“核准企业”如果想要享受有条件免除购置税待遇，应提交以下文件：
1、有关进口商的情况介绍；
2、担保－－通常是企业业主或总裁对该项应纳税款的担保、以及延期纳税的银行担保。有时只需银行对延期应纳税款的全额担保；
3、“核准企业”批准证书复印件；
4、由政府部门、INBAL保险公司或工业发展银行签发的证明，注明该核准项目中空调投资额。
四、进口环节增值税
对于大多数进口货物而言，购买货物者应缴纳15.5%的增值税。原则上，当进口服务及无形资产时，如果以外汇支付，则应缴纳增值税。
五、其它进口管理措施
其它进口管理措施包括：进口许可证、数量限制、配额、反倾销税、进口商品检验等等。
申请进口许可证的进口商必须是以色列公民或在以色列注册的公司。申请时应向工贸部提交一份进口许可证申请表，同时提交订单、发票复印件或外国供货商（制造商）的报价单一份。有关部门通常在收到进口许可证申请表后14天内进行处理。
特别证书根据不同情况由卫生部、农业部、交通部、工贸部、通信部等有关机构发给进口商，批准根据证书规定条款进口货物。
大部分进口商品检验由以色列标准协会进行，医药、农产品等分别由卫生部、农业部进行。按照标准协会制订的程序，质量证明根据样本测试、部分测试和鉴定测试的结果颁发。样本测试在第一批产品到达之前或之后进行，普遍用于对电力设备和其它类似复杂产品的测试；部分测试对所有产品都适用；鉴定测试通常在港口进行，有时也在保税仓库甚至进口商的仓库进行，其目的是确认所运货物确为样本测试所检验和许可的产品。
《消费者保护法》对进口有一定要求，如，非经特别批准，国内和进口商品标签上的文字一律使用希伯来语。
“科舍”（Kosher）证书，即犹太教律法对食品等有一些特别规定，类似伊斯兰教的“清真”要求。如果进口商想在以色列推销带有“科舍”（Kosher）标记的食品，就必须具备由犹太教大拉比签发的证书。