立陶宛对外贸易主管部门主要是经济部和外交部。其中经济部主要负责改善国内商业和投资环境、促进立陶宛企业出口、促进企业创新、监管国有企业、利用欧盟结构基金援助、监管政府采购、发展旅游业；负责纺织品双边监管体制、进口配额和第三国纺织品及钢铁产品进口申请的管理；确保立陶宛本国外贸、关税等相关法规与欧盟有关规定相符；负责两用物资进出口的监管及相关出口许可的颁发。外交部主要负责会同经济部制订本国对外贸易政策；参与欧盟针对第三国贸易保护措施案件的调查和决策，就有关案件起草立陶宛本国立场报告，协助涉案企业维护自身利益。
二、贸易法规体系
立陶宛2004年5月1日加入欧盟以后，执行欧盟统一的对外贸易政策，包括统一的关税、进口禁令、进口许可和技术性贸易壁垒和检验检疫措施。立陶宛本国生产的产品属于欧盟原产地产品，对于第三国与欧盟其他国家适用相同的出口关税。
三、贸易管理的相关规定
立陶宛执行欧盟统一的进出口政策，鼓励出口，遵循欧盟在安全和技术标准方面对进出口产品的规定。目前，立陶宛执行欧盟与马其顿、阿尔及利亚、埃及、以色列、黎巴嫩、摩洛哥、巴勒斯坦、叙利亚、突尼斯、约旦、南非、墨西哥、智利等国签订的自由贸易协定。作为WTO的成员国，立陶宛享有利用WTO相关规定保护本国产业的权利。此外，立陶宛制订的有关贸易管理规定也必须符合其加入WTO时的承诺以及WTO的相关规定。