根据《摩尔多瓦共和国海关法》，摩尔多瓦国家海关检查总署和各海关构成维护国家海关法律的统一体系。海关内部机构的设置、改组和撤销由国家海关检查总署直接完成。海关的职能有：保证遵守海关法律；制定海关税收机制，保证执行商品进出口许可证制度监督缴纳海关关税及其他税收；负责海关检查，办理海关文件；打击走私，配合打击国际恐怖活动；提出海关报告及海关统计资料；协助发展对外经贸联系。
适用于WTO成员国产品的关税税率大部分在0-15%之间。
2004年摩尔多瓦调整了关税税率，调整后新的平均关税税率为6.5%，调整后的加权平均关税税率为4.55%。如按修改后的税率计算，摩尔多瓦农产品的进口关税为10%，而工业品进口关税为4%。有关国际金融组织所做的评估显示，在欧洲地区，摩尔多瓦平均关税税率是较低的，只有6.5%，而俄罗斯为12%，乌克兰为10%，罗马尼亚为16%。
海关税收包括进口海关关税（从0至15％不等）、进口增值税（20%）、进口海关手续费。对某些本国和进口产品征收不同税率的消费税， 这些产品主要有：咖啡豆、鱼子酱、酒类、烟草、汽油、柴油等。
同独联体国家的进出口贸易商品免征关税，同《东南欧稳定公约》签署国之间进出口商品免征关税。除个别商品给予关税减免待遇外，欧盟对进口的摩尔多瓦商品大部分免征关税，但产品所包含的本国生产要素（劳动力除外）必须在40%以上。
