供给侧结构性改革是中央提出的重大战略布局，上海在加快城市创新转型发展中，需要按照中央的部署要求强化供给侧结构性改革，着力推进结构调整。近年来，本市加快推动制度改革与创新，取得了一系列明显成效，但新常态下长期积累的矛盾和问题仍然突出。从今年的课题内容来看，上海供给侧结构性改革制度供给问题、结构调整问题、提高要素生产率问题、长期增长动力问题、结构性政策研究等五大专项成为上海首选化解的难点。
根据中央要求，上海自由贸易试验区应在两至三年内基本建成。在上海自贸试验区运行近三年之际，须对自贸区制度创新与改革开放成效进行梳理评估，总结可复制可推广的经验，提出自贸试验区下一步深化改革开放建议。在今年的课题中，就包括了上海自贸试验区运行三周年评估、发展方向与制度目标模式、推进金融综合监管体制、“一级政府管理体制”改革创新、深化扩大开放、深化制度创新的重点和法律法规体系以及提高上海企业对自贸协定利用率的问题研究等多项重点。
除此之外，上海建设现代化国际大都市的“短板”问题、上海城市更新面临的难点及对策、“十三五”期间本市人口、土地、建筑物三控联动、上海养老保险的难点及对策、尚未覆盖的基本公共服务如何健全完善问题等均被纳入重点课题研究中。