2011年以来，国务院及相关部委连续发文，明确廉租房与公租房并轨运行工作要求。省住建厅、发改委、财政厅先后转发相关部委文件，提出两房并轨的有关要求。深圳此次并轨后，以后的新供应保障性住房为公租房和安居型商品房。
在管理原则上，《办法》规定，按照属地管理原则，由各区政府（含新区管委会）负责辖区内公租房和廉租房并轨运行工作，对辖区内廉租保障对象实施住房保障。《办法》明确规定，区主管部门建设筹集的公租房房源，应当优先解决辖区内廉租保障对象的住房困难，对其应保尽保。
在保障待遇上，公租房和廉租房并轨涉及廉租保障对象的切身利益，公租房和廉租房并轨后，将维持其现有保障待遇不降低。
并轨运行后，符合条件的家庭申请廉租保障时，申请条件维持不变，但廉租保障对象选择轮候公租房的，需符合深圳公租房轮候申请条件且已载入轮候册。在申请方式上，申请人可以登录网站，按要求在线填写廉租保障申请表。
并轨后，仍然坚持“以货币补贴为主、实物配租为辅”的政策导向。深圳市住建局明确表示，《办法》施行之日前已承租市场房源的，继续领取市场房租 金补贴，市场房租金补贴目前按照深建房改67号文规定执行；符合深圳公租房轮候申请条件且已载入轮候册的廉租保障对象，可以选择领取市场房租金补贴，或者 选择轮候公租房。经轮候并承租公租房的，由户籍所在地区主管部门按规定发放公租房租金补贴；《办法》施行之日前已租住廉租房且租赁合同未到期的，可以继续 履行合同，且租赁合同期限届满后可以申请续租。继续履行合同及续租期间，租金标准按原合同约定执行。
据测算，公租房和廉租房并轨运行后，给享受实物配租廉租保障对象带来的变化，一是由承租原廉租房变为承租公租房，住房建设标准提高，居住环境改善；二是实际承担的租金基本持平。总体来说，公租房和廉租房并轨，未加重廉租保障对象的经济负担。