中国的流转税制自1994年税务改革以来，其显著特征之一是增值税与营业税并行。相对于消费型增值税，当时中国的增值税属于生产型增值税，即只有货物销售、加工和修理修配以及进口货物需要缴纳增值税。而邮电通信、交通运输、租赁、保险金融等很多部门未被纳入增值税的征管体系而需要缴纳营业税。两个流转税税种的平行存在导致适用两个不同税种的上下游企业之间无法实现增值税的抵扣，即产生重复征税。在2011年11月16日，经国务院同意，财政部和国家税务总局在上海开始营业税改增值税的改革试点。从2012年1月1日起，在上海市交通运输业和部分现代服务业开展营业税改征增值税试点。2012年7月31日，又将改革试点范围，由上海市分批扩大至北京等8个省和直辖市。2013年8月1日起，在全国范围内开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点的相关税收政策。2014年1月1日起，在全国范围内开展铁路运输和邮政业营改增试点。2014年6月1日起将电信业纳入“营改增”的范围之内。2016年3月，财政部、国家税务总局网站发布《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号，以下简称“36号文”），明确自2016年5月1日起，在全国范围内全面推开营改增试点，建筑业、房地产业、金融业、生活服务业等营业税纳税人，全部纳入试点范围，由缴纳营业税改为缴纳增值税。36号文附件一的第十五条规定：提供交通运输、邮政、基础电信、建筑、不动产租赁服务，销售不动产，转让土地使用权，税率为11%；提供有形动产租赁服务，税率为17%；境内单位和个人发生的跨境应税行为，税率为零（具体范围由财政部和国家税务总局另行规定）；除此之外，税率为6%。
“营改增”的完成，特别是消除了两个流转税税种平行存在所导致的重复征税，似乎为解决PPP项目中的流转税问题提供了可能。但是，作者经过分析认为，如果没有正本清源地从性质上对PPP有清晰的界定，在维持税收中性原则、不对PPP开特别口子的前提下，“营改增”可能掩盖一些问题表象，不利于从根本上解决PPP项目落实过程中存在的税负不合理问题；“营改增”并不会减轻因引入PPP模式而额外增加的税收负担，反而可能进一步加重社会资本的税收负担。
以市政道路为例，如若将PPP项目公司向政府约定的收费全部作为增值税应税的一个单项收入，则在“营改增”之后无论是按照建筑业或房地产业都是按11%税率征收增值税。PPP项目公司可以将向工程总包方支付价款的进项税（税率也是11%）从增值税销项税中扣除。PPP项目建设成本（不包括资本化的利息部分）会给PPP项目公司带来很大一笔增值税进项税留待以后抵扣。在建设成本没有完全回收之前，PPP项目公司不需要缴纳增值税。但是，这样的处理方式和结果存在两个问题：1.将PPP项目公司当作了工程总包方，而将真正的工程总包方当作了工程分包方，这明显不符合PPP的实质以及相关各方在PPP项目中的地位和作用。2.增加了PPP项目公司的税收负担。在“营改增”之前，有部分地区将PPP项目公司作为项目总包方对待，而将其获得的全部政府支付价款扣除其支付给工程总包方的价款后的余额按照建筑安装业征收3%营业税（由于营业税是价内税，如果换算成价外税则是约3.09%）。而“营改增”完成之后，如果按照上述方法征收增值税，即相当于向政府收费部分（不含增值税）减去支付给工程总包方价款部分（不含增值税）的余额需要缴纳11%增值税。如果不考虑甲供材料增加可抵扣进项税这一因素，流转税的有效税负最高可达“营改增”之前的3.56倍！而且，36号文规定“适用一般计税方法的试点纳税人，2016年5月1日后取得并在会计制度上按固定资产核算的不动产或者2016年5月1日后取得的不动产在建工程，其进项税额应自取得之日起分2年从销项税额中抵扣，第一年抵扣比例为60%，第二年抵扣比例为40%。取得不动产。”但是，政府付费项目在会计核算上是作为无形资产或金融资产核算，并不按照固定资产核算。所带来的问题是，PPP项目获得的不动产进项税抵扣是否需要遵守这一抵扣比例的规定？虽然这个问题可能只是一个纯理论问题，几乎不可能有PPP项目头两年的应税收入就超过了工程建设支出，但是，我们仍然希望能就这一问题予以明确。
作者坚持认为，PPP项目公司获得的政府支付（以及使用者付费）往往具有双重性质：（1）PPP项目公司作为项目运营者的运营收入（运营收入性质）；（2）补偿了项目公司运营成本费用后的部分是社会资本的资金回收和回报（投资回收/回报性质）。该双重性质问题与如何从税收角度理解PPP从而避免不当重复征税有关，与“营改增”无关，故在此不赘述，请参阅作者其他的文章。运营收入性质部分如何缴纳增值税可以直接查阅36号文以及增值税其他法规、规章；投资回收/回报性质是否应该缴纳增值税以及如何缴纳增值税则比较复杂。作者认为应将PPP项目公司所获得投资回收/回报性质部分进一步拆分为三部分：第一部分是PPP项目工程建设成本（不包括资本化的借款利息），即投资回收；第二部分是PPP项目的运营管理收入，即运营管理服务收入；第三部分是PPP项目资金回报，即货币时间价值。
由于PPP项目公司是代替PPP项目发起方行使了甲方职能，所以对于第一部分的增值税，PPP项目公司只是一个“导管”，为了满足增值税征管的需要，实现增值税链条的连续和完整，应将第一部分开票给项目发起方或其指定的最终接收PPP项目资产的平台公司。也许有人会产生疑问：与PPP项目工程相关的增值税进项销项相抵后，PPP项目公司在特许经营期内运营收入性质的收入所产生的增值税销项税没有获得与不动产相关的增值税进项税抵扣，增值税税负是否就会高于非PPP模式呢？其实从经济角度分析，如果认为社会资本在PPP项目中的作用就是为政府提供融资以平滑政府财政支出，并且在特许经营期内利用自身专业优势运营PPP项目，那么项目资产本来就应该归项目发起方所有。资产所有者（项目发起方）并没有向资产运营者（PPP项目公司）收取相当于资产折旧的名义租金。换而言之，社会资本在PPP模式与非PPP模式的自有资产或租赁资产经营/承包经营中的成本结构是不同的，税收结果当然随之不同。
第二部分和第三部分的增值税税率恰巧都是6%。这样避免了因为税率不同而需要人为拆分这两部分收入以分别计算缴纳增值税的麻烦。虽然36号文规定贷款服务的进项税额（即第三部分）不得从销项税额中抵扣，但是由于政府不是增值税一般纳税人，没有进项税抵扣的需要，所以将第二第三部分加总在一起按一个税目缴纳增值税在实际操作中并不会产生税收流失问题。虽然6%比“营改增”之前的3.09%高出近一倍，而且可以抵扣的进项税非常有限，但是，仍比按照建筑业或者房地产业缴纳11%增值税低了很多。
需要澄清一点，作者并非认为以上所分析的问题是“营改增”所造成的，根本原因是PPP项目周期诸多环节的经济实质和法律形式不一致所导致。因此，作者个人认为，最终的解决方法可能还是需要财政部和国家税务总局尽快颁布一些财税规章，基于税收公平、税收中性原则从经济实质出发对PPP模式进行定性。
