PPP资产证券化对于调动广大社会投资者的参与、降低项目融资成本、分散项目投资风险、发挥市场在资源配置中的作用等方面有较明显的优势。但是，由于资产证券化本身的特点，PPP资产证券化在实践中存在一些值得注意的风险点。
第一，PPP项目的基础资产质量十分关键，否则只会创造低质量金融产品，使得风险在金融系统蔓延。不论资产证券化技术多先进，结构设计多么完美，风险分散效果有多强，基础资产是证券化技术的根基，根基不牢靠，风险控制无从谈起。PPP项目建设中可能会涉及所有权、产权、技术、管理、生产设施等方面，一个环节上有短板都可能影响到整个项目的运行，进而影响资金收益。另外，PPP项目建设周期长，低质量项目无法保证收益长期可持续性。如果对PPP项目进行资产证券化不考虑基础资产质量，一方面造成社会资金的低效使用，损害公共福利；而另一方面证券化的产品安全性得不到保证，影响到投资者的利益。因此，以规范和高质量的项目作为基础资产才是资金流稳定安全的保障，也是进行资产证券化的前提条件。
第二，过度的资产证券化有可能扭曲项目实施的激励机制，造成低质量PPP项目过多，甚至部分项目假借PPP之名来达到自身融资目的。资产证券化这一模式在美国次贷危机中被认为是危机形成的重要原因之一，其中很重要的原因是金融机构可以利用资产证券化将低质量的贷款打包出售，于是金融机构就缺乏激励对贷款的信用风险进行管理而形成了大量低质量贷款。由于国家政策的支持，商业银行、证券公司为PPP资产证券化敞开大门，这可能给很多项目假借PPP旗号融资获利的机会。这个过程中如果不对风险加以防范很容易造成PPP泡沫化与空心化，最终伤害投资者和市场，也对PPP事业不利。
第三，项目论证不充分和信息披露不足可能导致项目后期实施难度大，对资产证券化产品的收益造成负面影响。PPP项目的主要优势之一就是引入社会资本和政府一起对项目进行评估，充分发挥各方信息优势，共同决策。在进行项目论证时，参与各方要全方位多角度进行论证，充分考虑可能存在的变化。除了项目公司资质关系到项目的运营与管理绩效，政府的财政预算执行情况也关系到项目的收益性。以收益权为收益来源的PPP基础资产证券化，收益的来源方式大致有三类：政府付费、使用者付费和可行性缺口补助。项目要有好的质量以及社会价值与效益，才能保证收入来源的稳定。只有设计足够好的机制来保证PPP项目的质量，最终才能保证资产证券化能够获得成功。
